「不思議のダンジョン」の最大の特徴は入るたびにマップが変化すること。出現する敵はもちろん、落ちているどうぐやお宝の種類と場所も変わります。1度冒険したダンジョンでも、もう1度入れば変化しているので、何度でも挑戦できます。
ダンジョンの中では、ターンごとに行動します。たとえば、主人公が1歩動くと、次にパートナーが1歩動き、次に敵ポケモンが1歩動く。このように各ポケモンが1回行動すると1ターン終了します。これを繰り返しながらダンジョンを進みます。
主人公が動かなければ敵ポケモンも動かないので、じっくり考えてから次の行動を決めることができます。
ダンジョンの中にはいろいろな敵ポケモンがいます。敵ポケモンは主人公を見つけると襲いかかってくるので、パートナーと協力して戦いに挑みます。
倒すと仲間になってくれるポケモンもいます。
ポケモンたちは、4つのわざを使うことができます。ポケモンとわざにはタイプがあり、それぞれに相性があるので、使うわざと相手のタイプを考えた戦略的な戦いができます。
わざは4つまで登録できます。
1つを選択して攻撃します。
ダンジョンの中には、いろいろなどうぐが落ちています。戦いに役立つものや、冒険に役立つものなど、その効果はさまざまです。
冒険を進めていると、主人公たちの行く手をはばむワナが出現することもあります。ワナを踏んでしまうと、ダメージを受けたり、どこかに飛ばされてしまいます。
ダンジョンの中には、入口をふさぐ扉が現れることがあります。扉には何種類かの色があり、同じ色の鍵がなければ開くことはできません。
扉を開ける鍵は、デスカーンの「ゴールドゴージャス」や、ポケモンパラダイスの施設で手に入ります。
