ピーチ姫から、オリガミまつりの
招待状を受けとったマリオとルイージ。
うきうきしながら
キノピオタウンに到着すると……
どうしたことでしょう。町には誰もいません。

不思議に思いつつピーチ城に向かうと、
そこにはオリガミになったピーチ姫の姿が！
おどろくマリオの前に、とあるオリガミが現れて
こう名乗りました。

オリー王は、マリオのなかまの
「ペラペラ」たちを折りたたみ、
世界をオリガミのための
「オリガミ王国」に作り変えてやる
と言い放ちます。
すると、あちらこちらから
巨大な紙テープがのびてきて、
ピーチ姫もろとも城を遠い山の
上へと運び去ってしまいました。

マリオは、オリー王の妹「オリビア」や、
時にはペラペラのクッパ軍団と共に世界をかけめぐり、
オリー王の野望を阻止すべくピーチ城をめざします。