『CASTLE CONQUEROR HEROES 2』は前作で平和を取り戻し、平穏に暮らしてきたヴェロニカたちが、ある事件をきっかけに大きな陰謀の渦に巻き込まれていく本格SFシミュレーションゲームです。
 
2年前の帝国軍との戦いで惑星「グリーンプラネット」に平和を取り戻したヴェロニカたち。それぞれがそれぞれの地で平穏に暮らす中、研究施設の爆弾が盗まれるという事件が発生します。爆弾の行方を追っていくうちに再会を果たす仲間たち。彼らとともに、ヴェロニカたちは並み居る敵を次々に倒していきます。
爆弾を盗んだのは誰なのか。そしてその目的は？
真相に近づくにつれ、ヴェロニカたちは残酷な現実をつきつけられることになります。果たしてヴェロニカたちは無事爆弾を取り戻すことができるのでしょうか。