幼なじみのサリアから受け取ったオカリナを手に、リンクは故郷を離れ、ナビィと共にまだ見ぬハイラルの大地へと旅立つ。
オカリナのメロディに導かれた冒険の中、リンクはやがて青年へ―時を超えた冒険の中で経験する幾多の出会いと別れがリンクを勇者へと成長させ、盗賊王ガノンドロフとの闘いへと導く。