「ゼルダの伝説 時のオカリナ 3D 裏」、通称「裏ゼルダ」は、全てが反転した鏡写しの世界が舞台。表の世界からダンジョンの謎解きも一新され、出現する敵の種類や数が異なるマップもあります。また、本編よりも敵から受けるダメージが2倍になっているので難易度が高くなっています。裏ゼルダは、本編をクリア後にチャレンジすることができます。全てが鏡写しのハイラルでどんな冒険が待っているのか、本編をクリアして、是非その目で確かめてみてください。
物語のプロローグでのリンクの夢も左右反転しています。
表にあったはずの水中のスイッチが消え、裏では陸上にスイッチと燭台が出現。