さまざまな惑星が戦いの舞台
フォックスたちは、さまざまな惑星や宇宙空間を転戦し、アンドルフの本拠地を目指します。
惑星コーネリア
ライラット系惑星集団の首都「コーネリア」。ペパー将軍を司令官とするコーネリア防衛軍の本拠地だが、アンドルフ軍の攻撃により甚大な被害を受ける。
セクターY宙域
惑星コーネリアに最も近い宙域で、さまざまな謎を持つ「セクターY」宙域。アンドルフ軍が新たに開発した対艦兵器「サルジャー部隊」により、コーネリア防衛軍は苦戦を強いられる。
惑星フィチナ
全体の90%が何層もの雪に覆われた惑星「フィチナ」。コーネリア防衛軍の前線基地が置かれ、各部隊が駐留するが、アンドルフ軍の侵攻により現在は陥落している。
惑星アクアス
惑星のほぼすべてを海洋が占める水の惑星アクアス。その美しい惑星もアンドルフ軍の開発したバイオウエポンによって汚染が進んでいる。それにより海中に生息するさまざまな生体に変化を及ぼしている。
惑星ソーラ
灼熱の惑星「ソーラ」。非常に高温な惑星であり、生命体も存在しないといわれているが、Dr.アンドルフがバイオウエポンの実験を行っていると噂される。
セクターX宙域
科学的に解明できないさまざまな事故が多発する「セクターX」宙域。発光性の高い宇宙塵によってXの文字が浮かぶ特徴的な形状を持つ。Dr.アンドルフはこの場所に宇宙基地を建設、新兵器の開発を進めているといわれている。
セクターZ宙域
古くから多くの戦いが行われてきた「セクターZ」宙域。かつての戦いの残骸が今も多く漂う。アンドルフ軍はこの場所で待ち伏せをして、スターフォックスたちの本拠地「グレートフォックス」の破壊を計画する。
惑星マクベス
非常に豊かな鉱物資源によって、ライラット系の工業の中心として栄える惑星「マクベス」。Dr.アンドルフはその生産施設に目をつけ略奪。アンドルフ軍の兵器開発の生産、輸送の拠点として軍事基地に改造された。
さまざまな条件によって変わっていくルート
ステージでのミッションの成功や失敗、クリア時のスコアになど、さまざまな条件でフォックスたちの進むルートが変わってきます。一度クリアしたステージでも、プレイによって新しいルートが見つかり、以前とは違ったステージが見つかるかもしれません。